海军的干货弹药船。佐世保集中了第2、第6、第8、三支护卫队共12艘驱逐舰以及佐世保地方舰队的部分舰船。是日本海军最大的舰艇基地。

相对于一个海军基地岸上设施往往比舰艇更重要。军港西侧的佐世堡重工有大小六个船坞，能对包括直升机母舰在内的大型舰船进行保养。船坞后方是日本海军第二护卫队群的司令部。在往后不远是海上自卫队佐世保地方总监部，左侧是前田弹药库，有120座防爆堆破保护的建筑。

在往南依次是还自卫队太田燃料库，还自卫队佐世保教育队，弹药准备补给所，佐世保警备队驻地。

佐世保基地作为美军在亚太的重要补给中心，佐世保西海岸是专属于美军的燃料补给站，有大型的赤崎燃料站、和小一些的庵崎储油站。

港口的南边是也是美军美军的横赖储油所，这里的油库是新改进的地下掩埋式油库，整体油库已经埋藏在地下深处，上方修建了钢筋混凝土夹带钢板的防轰炸保护层，具备一定的防空袭能力。这里也是美海军两栖攻击舰停放气垫登陆艇的码头，有10个气垫登陆艇的停位和一个下海坡道。

港湾西侧还有针尾岛弹药库，占地面积130万平方米，存放着大量的武器弹药。

在军港以西4公里的相浦驻屯地，还驻扎有一支日本陆军的自卫队水陆机动团。它是日本自卫队唯一的两栖登陆部队，时常跟随美军一起行动，参与了所有美军亚太地区的演习，也是日方与华夏特种2部队在暗中交手最多的部队。

日自卫队的水陆机动团，它类似于美海军陆战队建制，总兵力的规模达到了2100余人。是根据海军陆战队与特种部队的结合发展模式组建。主力是两个水陆机动联队，配备有大量的导弹、直升机、小型无人机、巡飞弹、坦克和装甲车，还有部分小型舰艇和潜水装置。是一个具备海陆空天潜五位一体的作战打击单位，常与美军一起联合训练非常擅长，抢滩登陆、空降突袭、敌后渗透、水下潜行、武装泅渡、和指引空天部队精确打击等，是一个规模庞大的特种部队。

日政府未来还会继续扩大水陆机动团规模，预计2009年将会在增加一个机动联队的建制，时全团总兵力达到约3300人。

机动团驻地内有大量的弹药物资库仓库和各种武器装备设施，停放着大量的坦克装甲车、自行火炮，和直升机起降点。其中还有一条短跑道和6座战斗机机库，可以具备小型固定翼飞机和新研制的F-35起降。

佐世保南岸的崎边军港，驻扎着水陆机动团的精锐部队，第一战斗登陆大队，这个大队配备有，9架武装运输直升机、4架武装攻击直升机，6艘蛙人微型潜艇，16艘冲锋炮艇、8艘两栖登陆气垫船、6架中型无人机、31辆AAV-7两栖装甲突击车、12辆坦克、4辆155毫米自行火炮及各种其它武器，驻地内主要是两栖登陆场地和各种训练场，同样也拥有着油库、弹药库物资仓库机库等重要设施。

佐世保海基基地（北纬33度10分2秒，东经129度42分56秒）是驻日美军第二大的海军基地。为美海军第11两栖中队及第7扫雷中队的母港，是美在东亚地区最前沿部署的海军基地和主要的后勤保障基地。

位于九州岛长崎县佐世保钢，四周为九州岛西彼杌半岛和针尾岛包围，整体呈“Y”型，水域面积约6万平方米，只有一条航道可以进出，水深23-54米，进口港界为高后崎与寄船崎的连线，可停泊各型舰船90多艘。

整个军港为半日潮港，涨潮流向东北，速度0.3节；分为内外两港；其中内港1区和2区位内港西北侧立神港区，为美军控制；3区位于内港东北侧惠美须湾，为民用；港口西侧为佐世保重工造船厂，东南侧设有佐世保弹药补给所，港区最外沿